پژوهشکده آبزی پروری آبهای داخلی تغییرات شدید تالاب انزلی را طی سالیان اخیر به دفعات گزارش نموده است. این تالاب دیر زمانی نه چندان دور واجد تمامی ویژه گیها و ارزشهای اکولوژیک شناخته شده تالابهای بین المللی بود. یکی از مهمترین زایشگاههای ماهیان ارزشمند دریای خزر در ناحیه جنوب غربی این دریا بشمار میرفت. همچنین نقش بسزایی در حفظ محیط زیست شمال کشور و شهرهای پیرامون خود داشته است. در طول سه دهه گذشته تغییرات اقلیمی جهانی و نبود مدیریت کارا در حوزه آبخیز و اراضی بلافصل تالاب انزلی سبب شده تا ارزشهای آن یکی پس از دیگری از بین برود. رسوب گذاری شدید و رشد گسترده گیاهان آبزی تغییرات شدیدی را در ساختار و عملکرد آن سبب شده است. پیکره آبی بخشهای شرقی،جنوبی و مرکزی تالاب انزلی تحت تاثیر دو عامل یاد شده تهی از آب شده و تبدیل به نی زار ،چمنزار و جنگل شده اند. این بخشها تنها در هنگام بارندگی شدید و سیلاب دارای چند سانتی متر آب می شوند. پس از هر سیلاب، رسوبگذاری بیشتر و کاهش عمق بیشتر نواحی فوق رخ می دهد. حوضچه غربی بعنوان تنها پهنه آبی باقیمانده که از نظر شیلاتی اهمیت داشته و در امرار معاش ساکنان اطراف نقش اساسی ایفا می نماید نیز روند نابودی را طی می نماید. رشد سریع گیاهان آبزی و متراکم شدن آنها در فصول رویش از چالشهای عمده این بخش از تالاب بوده بطوریکه حتی عبور و مرور شناورها در آن نیز غیر ممکن می نماید. دکتر علیرضا میرزاجانی عضو هیئت علمی پژوهشکده طی گشت زنی های اخیر خود در تالاب انزلی در راستای انجام پروژه های بررسی پراکنش سنبل آبی و میگوی رودخانه ای نشان داد که عدم کنترل رسوب و گیاهان آبزی سبب شده تا تالاب انزلی بصورت شبکه ای از کانالها و روگاها در آید که ارزشها و کارکردهای یک تالاب بین المللی را نخواهد داشت.